伪满政权建立之后，日伪立即对威胁其存在的遍于东北各地的抗日武装力量，进行大规模的“围剿”，即所谓“大讨伐”。这些“讨伐”大体可分为4个阶段。
第一阶段(年3月至年5月)
这个时期对抗日武装进行“讨伐”的主力是关东军。其策略是，划分区域，以东北义勇军各部为主要目标，集中兵力，进行“大规模的战术性讨伐”。日伪军在这阶段对东北抗日义勇军的“讨伐”，这里略述如下:
对辽东地区的反复“讨伐”
活跃在辽东地区(包括临江、安图、新宾、桓仁、柳河、通化、辑安等县)的抗日武装力量是唐聚伍领导的辽宁民众自卫军。自成立起，便在辽东13个县全面开展了对日伪的斗争。曾一度收复了相仁、新宾、通化、柳河、临江等重镇，使这个地区的殖民统治秩序根本无法建立和维持。因此，日伪当局派重兵对这个地区反复地进行“讨伐”。
据伪满国务院总务厅情报处统计，从年5月至12月，对东边道先后进行了3次“讨伐”。时间分别为，第一次:年5月至6月;第二次年7月至10月;第三次:年11月至12月。参加“讨伐”的队伍除日军外，还有伪军于芷山部。在反“讨伐”战斗中，由于敌我军事力量相差悬殊，民众自卫军除王凤阁、李春润等部潜入山区继续坚持斗争外，其余各部相继瓦解。
对辽宁东南部“三角地带”的“讨伐”
所谓三角地带即指以当时的安奉铁路、南满铁路和黄海海岸为界，围成一金狭长的三角形地带，包括凤城岫岩、庄河等县。活跃在这个地区的抗日武装主要是邓铁梅领导的东北民众自卫军等部。为了消灭三角地带的抗日武装，日伪调集了日军第二师团、第六师团与独立守备队等精锐部队及大批伪军，从年12月至年5月，对这一地区进行了两次“大讨伐”。第一次“讨伐”，日伪军损失较重;第二次“讨伐”邓铁梅等部损失较大，游击活动区也皆丧失。
对辽南地区的“讨伐”
辽南地区(包括海城、辽阳、营口台安等县)的抗日武装主要是李纯华、张海天、项青山等人率领的数十路义勇军。他们控制北起辽阳，西至台安盘山南达营口方圆数百里的农村。年1月下旬，日伪军万余人向辽南各路义勇军发动大规模的“讨伐”。义勇军各部与日伪军展开了拉锯战，曾取得一定的局部胜利。但因当时的形势对义勇军非常不利，大部分义勇军被迫撤出了辽南地区转移到热河休整并接受补充。
对辽西地区的“讨伐”
年9月，日军以第八师团为主力，在伪军帮助下，对辽西地区抗日武装力量:郑桂林、耿继周、宋九龄、朱霁青等部进行了大规模“围剿”，历时3个多月，其结果义勇军各部相继溃败。
对辽北地区的“讨伐”
年6月，康平、通辽、辽源、开通、洮南、突泉等10余县义勇军被统编为第五军团，委任高文斌任军团长，下设6个梯队，活跃在以康平为中心的辽北一带。11月间，日军第十六旅团纠合彰武、法库、昌图等地伪军六七千人，大举“围剿”康平五军团司令部所在地。虽然该部义勇军抵抗，但由于县城无险可守，队伍伤亡过重，抵御不支，军团长高文斌又被俘，第五军团失去了统一指挥，各部分散作战，至年相继溃散。
对吉东下江地区的“讨伐”
日军占领沈阳、长春、吉林、齐齐哈尔之后，攻占的主要目标指向哈尔滨。年1月下旬，在日本陆军部及关东军司令部直接指挥与伪军的配合下，进犯哈尔滨，遭到李杜领导的吉林抗日自卫军的顽强抵抗。因敌势猖狂，抗日自卫军遂撤离了哈尔滨，退守哈东。
之后，年3月至年1月间，日伪军连续“讨伐”哈东牡丹江一带李杜领导的吉林抗日自卫军，哈吉之间冯占海率领的吉林抗日救国军，延边一带王德林领导的中国国民救国军以及奉吉边境一带的殿臣、宋国荣三好江等部抗日义勇军、山林队。到年末年初李杜、王德林等部失败，分别率部分兵力过乌苏里江退入苏联境内。冯占海部于年冬转战热河。
对黑龙江省义勇军的“讨伐”
日军侵占辽、吉两省后便把侵略矛头指向黑龙江省。黑省军民在省代主席马占山的率领下英勇抗战，给日本侵略以沉重打击。日本侵略者几乎把关东军的主力都投到嫩江前线来“围剿”抗日武装力量，结果使该省抗日运动陷于低潮马占山一度与日本侵略当局妥协。
年4月，马占山再起抗日，日军便从各个战场抽调兵力，集中向马占山部抗日军活动的绥化、海伦、克山一带进行“讨伐”。同年10月，马占山联络苏炳文领导的东北民众救国军与李海青率领的黑龙江省抗日义勇军第三军围攻齐齐哈尔市。
日本关东军司令部频繁地从南满各地以及日本国内抽调兵力向齐齐哈尔一带聚集，“围剿”各路抗日武装，使其各部相继受挫，实力大损，马占山部与苏炳文部为减少更大的损失，于当年末被迫撤往苏联，李海青等部转退热河。
在此阶段，日本侵略者为了统辖日伪军警各方面力量，协力镇压各地的抗日武装，还于年11月21日成立了伪军政部管辖下的各级清乡委员会。警察也整顿了体制，配合各级清乡委员会进行“清乡”，残酷镇压抗日爱国军民。
第二阶段(年6月至年3月)
出于前一时期日伪军大规模“讨伐”各地的抗日武装，所以至年5月时，大多数义勇军队伍已溃散，其主力转移到热河或关内。但它们的余部还有十五六万人，以游击战术与日伪军周旋，继续坚持抗日斗争。
另外，这个时期在一些地方中共领导的抗日游队逐渐活跃起来，成为日伪的心腹大患。对此，日本关东军采取了“分散部署的体制”即将关东军各师团、独立守备队、混成旅团等分散布置抗日游击区内的重点城镇。该区的一切军事活动由日军指挥官统辖，继续“讨伐”各路义勇军的余部与中共领导的抗日游击队及其游击根据地，并以后者为主要“讨伐”的目标。
同时，撤销了年11月成立的各级伪清乡委员会，并于年6月4日，从伪中央到各伪省、县，设置了“治安维持会”，其各级头目全由日本人担任。该会制定“讨伐”计划，妄图用半年时间，平定各地的抗日武装。
这一阶段日伪军警的主要“讨伐”活动有:
对辽东一带的“讨伐”
年4月，日伪军一部讨伐”活动于东丰县猴石镇的辽宁民众自卫军第六路第七旅旅长周保升率领的队伍;同年夏，多名日伪军“讨伐”活动于临江、通化、辑安3县交界处老岭山区的王凤阁部自卫军。年2月，日伪军“讨伐”活动于新宾与柳河一带的自卫军梁锡福(原自卫军第十一路司令)部。
对辽宁东南部三角地带的“讨伐”
年7月至11月，日伪调动日本独立守备队驻安奉路的第四大队，驻南满路大石桥的第三大队，伪安奉地区警备司令兼第二军混成旅旅长赫慕侠部的一个步兵团三个营，伪辽东警备司令兼第三混成旅长王殿忠部6个连，以及凤城、岫岩、庄河、安东等县伪警察大队，对辽宁东南部三角地带进行为期3个月的第三次“讨伐”。
年1月下旬，伪军对三角地带又发动了历时4个月的第四次大“讨伐”，攻击的目标主要是刘景文余部任福祥、曹国仕义勇军和邓铁梅部义勇军。义勇军化整为零，坚持斗争，但也受到不少的损失。
对吉林省的“讨伐”
年10月至11月，日军以第十师团为主力，在伪军的配合下，对吉林省各地进行了秋季“讨伐”，主要目标是吉林省东部延边一带抗日游击队以及活动于磐石一带的王殿臣部与活动于吉林市东北方尤家屯一带的抗日军三江好部。
年2月至3月，日伪军在东北的许多地方同时进行冬春季“大讨伐”。
第三阶段(年4月至年3月)
关东军实行所谓“集团部署”兵力，逐渐将维持治安的“主体转到满洲国方面来，日军则处于指导和支援的地位，实际上到年时日军仍有8万兵力参加对抗日军民的“讨伐”。此阶段“讨伐”的主要目标是中共领导下的东北人民革命第一军至第六军。
此间日伪相继成立了伪南、北及东南等几个防卫地区治安维持会，在其下设地区治安维持会，并改组基层组织县治安维持会。
这一阶段对抗日警察武装的“讨伐”情况是：
对东边道地区的“讨伐”
据日伪资料统计，从年6月至年3月，仅伪军廖弼宸部与王殿忠部就4次“讨伐”了这个地区。“讨伐”的对象，除了义勇军的余部和抗日的山林队之外，其主要目标是战斗在磐石地区的东北人民革命军第一军独立师。为此，日本侵略者于年8月专门制定了《东边道特别治安工作实施要领》日伪军要“协力围剿”以独立师为代表的南满人民武装抗日力量。对哈东地区的连续“讨伐”
年冬，日伪军余人，采取分段包围的手段，讨伐”赵尚志领导的东北反日游击队哈东支队及其游击区哈东支队奋起抵抗，给日伪军以很大的打击。并以哈东支队为基础，建立了东北人民革命军第三军。
年2月，日伪军又“讨伐”刚刚组建起的东北人民革命军第三军，也遭到失败。当年夏季，日伪以日军与警察队为主力，对该地区进行反复的扫荡和烧杀，使抗日力量受到严重的打击和挫折，第三军主力被迫转移。
入冬后，日伪军又“讨伐”尚在珠河地区活动的第三军第二团在强敌面前，第二团损失过半团长王惠同、团政委赵一曼相继负伤被捕。
对东满地区的“讨伐”
年春至年春日伪调动余兵力，先后两次大规模地“讨伐”活动于东满各县东北人民革命军第二军独立师和其他抗日武装，以及延吉、汪清和龙、珲春等抗日游击根据地，使第二军独立师各部受到一些损失，一部分游击根据地也先后丧失。
对热河地区的“讨伐”
年5月，日伪军出动余人从3个方向对长城一线的孙永勤率领的抗日救国军进行“围剿”国民党政府在日本的“抗议”(日本抗议国民党政府“允许”孙部撤至《塘沽协定》中规定的“武装区”)下，也派出张翰明等特警区队协同“会剿”，孙部损失严重，除主力冲出包围外，孙永勤等多名官兵壮烈牺牲，近名被俘战士也惨遭敌人杀害。
第四阶段(年4月以后)
关东军为了彻底消灭中共领导的抗日武装于年3月制定了《满洲国治安肃正大纲》;伪满于当年4月制定了《三年治安肃正计划纲要》妄图在3年之内消灭一切抗日力量。根据上述纲要，日伪把伪三江滨江、吉林间岛4省及奉天、安东两省的一部分地区作为重点，进行“肃正”“实施各项政治工作与讨伐作战相结合的一体化治安肃正方针”，采取所谓“治标”(即武力“讨伐”)工作“思想工作”(向民众宣传所谓建国思想和反共思想)和“治本”工作(与军事“讨伐”相配合的各项工作如集团部落、保甲制度及自卫团组织、警备通讯设施、警备道路建设、收缴散在民间的枪械进行政治诱降与思想瓦解的宣抚工作)相结合的办法，妄图进行军警行政于一体的“治安肃正”工作。
同年夏，在关东军的部署下，对东边道北部9个县(通化、辑安、临江、长白、濛江、辉南、金川柳河、抚松)实行“北部东边道治安工作”即“东边道独立大讨伐”。此次“讨伐”日本侵略者采取以中国人打中国人的办法，以伪军第一军管区的部队为主力，并抽调第二、三、五军管区及靖安军部分兵力协助，总兵力达2.7万余人。
“讨伐”的主要目标是杨靖宇领导的抗联一军和王德泰领导的抗联二军以及活跃在临江、通化、辑安3县交界山区的义勇军王凤洛部。“讨伐”部队与当地日伪军警配合，轮番扫荡，使当地居民遭受极大的灾难。王凤阁于年4月1日，连同妻儿被敌杀害。
为配合这次“大讨伐”，于年1月，在伪满中央还成立了伪“东边道复兴委员会”，在通化成立了伪“东边道复兴办事处”及伪“东边道治安维持会”
年夏又开始对三江地区进行新的“讨伐”。
日伪在军事“围剿”抗日武装力量的同时，十分注重开展反动宣传工作。年6月，日伪当局建立了各级“宣抚小委员会”，紧密配合军事讨伐”活动，对抗日武装进行政治诱降和思想瓦解工作。此外，还组成工作班，跟随“讨伐”部队进入作战地区开展“宣抚”工作，妄图征服民心，瓦解抗日武装力量。
日伪不仅以武力残酷地“讨伐”东北各路抗日武装，而且在“讨伐”中以极其残暴的手段随意屠杀无辜百姓，肆无惮地烧毁民众的房屋，疯在地掠抢民众的财物，实行野蛮的杀光、烧光、抢光的“三光政策”，制造了无数起骇人听闻的惨案。
如年抚顺的平顶山惨案；年伪吉林省依兰县土龙山大血案；年伪奉天省锦西下五家子惨案；伪吉林省舒兰县老黑沟惨案；年伪吉林省通化县白家堡子惨案；伪安东省安东县南岗头惨案等等。